Aslında olması gereken herşeyi düzgünce anlatmışsın.
Tek sorum var. Token'i ürettikten sonra istemci tarafına indirdin diyelim. Sonrasında her seferinde sunucu tarafına yolluyorsun ve sunucuda da metodlarda elle mi kontrol ediyorsun?
Bunu yapmak için java tarafında otomatik kontrol eden bir yapı geliştirebilirsin. Java servlet ya da spring için filter diye bir kavram var onu biraz araştır.
İstemci tarafında zaten aldığın token'i sunucuya yollamaktan başka yapacağın birşey olmaması lazım. Decode işlemi felan yapmaya kalkarsan zaten tuttuğun veriyi ifşa etmiş olursun.
php ile bir örnek olsun diye sunucu taraflı birşeyler karalamıştım zamanında. Örneğini aşağıdaki linkde bulabilirsin.
https://github.com/commandito/php-samples/blob/master/jwt-test.php