İki yöntemi varmış,
1. Tüm 0000-00-00 lı yerleri NULL olarak güncellemek.
UPDATE table SET datefield = NULL WHERE datefield = '0000-00-00';
2. Bana göre daha kullanışlı yöntem olan, db den sıfırlı süreleri NULL olarak almaya yarayan application.properties de veya uygulamada nerede db linkiniz var ise orada sonuna zeroDateTimeBehavior=convertToNull yazmanız yeterli.
jdbc:mysql://localhost:3306/yourMySqlDatabase?zeroDateTimeBehavior=convertToNull